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Die Abteilung für Kognitive Neurologie, die von Prof. Dr. H.-P. Thier geleitet wird, wurde im Jahre 2000 im Rahmen des Programms "C4-Abteilungen für Neurowissenschaften an Neurologischen Universitätskliniken" der Hermann und Lilly-Schilling-Stiftung gegründet. Mit der Umstrukturierung der Neurologischen Klinik im Jahre 2002 wurde die Kognitive Neurologie konstitutioneller Teil des Zentrums für Neurologie und des Hertie-Instituts für klinische Hirnforschung. Anfang des Jahres 2004 wurde die Abteilung durch die neu eingerichtete Sektion für Neuropsychologie verstärkt, die mit einer Professur für Neuropsychologie verbunden ist. Leiter der Sektion ist Prof. Dr. Dr. H.-O. Karnath.Im Sommer 2008 wurde unter der Leitung von Prof. Dr. M. Giese eine zweite Sektion eingerichtet. Die Sektion für Theoretische Sensomotorik wird von der Deutschen Forschungsgemeinschaft im Rahmen des Exzellenzclusters "Werner Reichardt Centrum für Integrative Neurowissenschaften (CIN)" gefördert. Im Jahr 2009 wurde PD Dr. C. Schwarz W3-Professor für Systemische Neurophysiologie am CIN.
Die Abteilung Kognitive Neurologie versteht sich als Einrichtung zur Erforschung der Grundlagen höherer Hirnleistungen des Menschen und ihrer Störungen durch Erkrankungen des Zentralnervensystems. Zur Klärung dieser Fragen nutzt die Abteilung unterschiedlichste Methoden: die Folgen umschriebener Hirnläsionen werden mit den Mitteln der klassischen Neuropsychologie unter Einbeziehung zeitgemäßer psychophysischer, behavioraler und radiologischer Techniken analysiert. Für die Erforschung höherer Hirnleistungen des Menschen werden Primaten- und Nagermodelle benutzt, die sowohl invasive elektrophysiologische Untersuchungen und die Korrelation von Einzel- und Multineuronenaktivität und Wahrnehmung bzw. Verhalten als auch gezielte Manipulationen von Neuronen und neuronalen Schaltkreisen ermöglichen. Die Anwendung von in vitro-Techniken erlaubt die Untersuchung membranphysiologischer, synaptischer und molekularbiologischer Grundlagen neuronaler Prozesse - wie beispielsweise synaptische Plastizität - für die Generierung höherer Hirnleistungen. In enger Zusammenarbeit mit den interdisziplinären Zentren für Magnetenzephalographie beziehungsweise für Kernspintomographie, die an der Medizinischen Fakultät angesiedelt sind, werden darüber hinaus bildgebende Untersuchungen am Menschen mit Paradigmen, die an die tierexperimentellen Paradigmen anknüpfen, durchgeführt, um den Brückenschlag vom Tierexperiment zum Menschen zu ermöglichen.
Mehrere Mitarbeiter der Abteilung sind mit Teilprojekten am neu eingerichteten Werner Reichardt Centrum für Integrative Neurowissenschaften beteiligt, das vom Leiter der Abteilung, Prof. Dr. P. Thier, koordiniert wird. Nachdem sich die Abteilung federführend an der erfolgreichen Beantragung eines interdisziplinären Hochfeldkernspintomographen im Rahmen des DFG-Sonderprogramms „Hochfeldkernspintomographie" beteiligt hat, ist seit Ende 2002 ein 3Tesla-Kernspintomograph Trio der Firma Siemens verfügbar, der als wesentliches Element eines interdisziplinären Zentrums der Medizinischen Fakultät allen Nutzern für ihre wissenschaftliche Arbeit zur Verfügung steht.
Der Status zweier ehemaliger Nachwuchsgruppen hat sich in 2008 geändert. Zum ersten ist das die Nachwuchsgruppe „Neuronale Mechanismen der Bildung numerischer Kategorien und Konzepte bei Affen", die im Rahmen des SFB 550 etabliert wurde. Der Leiter der Gruppe, Prof. Dr. A. Nieder, wurde auf eine W3-Professur berufen und übernahm den Lehrstuhl Tierphysiologie am Zoologischen Institut der Universität Tübingen. Die zweite Nachwuchsgruppe „Handlungsrepräsentation und Lernen" wurde bis 2007 von der VW-Stiftung gefördert und wurde im Sommer 2008 unter der Leitung von Prof. Dr. M. Giese in die Sektion Theoretische Sensomotorik überführt. Zwei weitere ehemalige Nachwuchsgruppen werden derzeit in Form selbstständiger Arbeitsgruppen fortgeführt. Es handelt sich zum einen um die im Rahmen des BMBF-Programms „Biofuture 2000" bis 2004 geförderte Arbeitsgruppe von PD Dr. C. Schwarz und zum anderen um die Arbeitsgruppe von Prof. Dr. U. Ilg, die bis 2003 im Rahmen des Heisenberg-Programms gefördert wurde. Herr Ilg übernahm die Leitung des Schülerlabors Neurowissenschaften, dessen Ziel es ist, Schüler und ihre Lehrer an die Neurowissenschaften heranzuführen und bereits während der Schulzeit das Interesse für dieses Fachgebiet zu wecken. Zwei neue Nachwuchsgruppen befinden sich zur Zeit im Aufbau. In der Sektion für Neuropsychologie baut Dr. M. Himmelbach mit Unterstützung durch ein European Research Grant eine eigene Arbeitsgruppe auf und Dr. A. Lindner etabliert nach seiner Rückkehr vom California Institute of Technology zur Zeit sein eigenes Labor.
Alle Mitarbeiter der Abteilung tragen maßgeblich zur Lehre im Rahmen des interdisziplinären Masters- und Promotionsstudienganges der Graduate School for Neural and Behavioural Sciences bei. Weitere Lehraktivitäten werden in der neurowissenschaftlichen Ausbildung der Fakultät für Biologie sowie im Studiengang Bioinformatik des Fachbereichs der Fakultät für Informations- und Kognitionswissenschaften und im Rahmen der curriculären Lehre der Medizin entfaltet.